Die Medical Systems Division für die Entwicklung, die Produktion und den Vertrieb von Produkten und Systemlösungen für die Medizintechnik ist noch vor dem deutlich bekannteren Kamerasegment der größte Geschäftsbereich von Olympus. Das umfangreiche Produktsortiment umfasst neben starren und flexiblen Endoskopen, die unter anderem in der Krebsvorsorge und der minimalinvasive Therapie eingesetzt werden: Endoskopie- und Ultraschallsysteme für die gastroenterologische Diagnostik und Therapie, endochirurgische Instrumente für Bronchoskopie, Urologie, Chirurgie, Gynäkologie, Orthopädie und weitere Disziplinen der chirurgischen Endoskopie sowie Systeme zur Wiederaufbereitung.